Территория гидрологического заказника отличается рядом особенностей, которые выделяют ее в природном отношении нна фоне других регионов Белорусского поозерья. Центром заказника являются значительные по площади озера Великие и Малые Швакшты, образующие единую гидрологическую систему, объединяющие водоемы, водотоки и болотные массивы.
Другой особенностью заказника является его пограничное положенияе между двух крупных физико-географических районов. Эта граница проходит по восточному и северо-восточному берегу озер и разделяет Свентянскую возвышенность и наиболее низкую часть Нарочано-Вилейской равнины. По этой же располагается тектонический разлом, который далее проходит вдоль котловины озера Нарочь.
Третья природная особенность заказника связана с одной из самых чистых рек республики Страчей- правым притоком реки Вилии. Исток реки Страчи расположен в озере Малые Швакшты. Долина реки отличается сложным строением. Узкие участки долины отличаются быстрым порожистым течением и образуют сквозные участки, пересекающие возвышенные части рельефа.
Четвертой особенностью является широкое расположение болот разного типа, не затронутых мелиорацией, ято позволяет рассматривать их как природную лабораторию для болотоведов. Крупные массивы заболоченных и сухих лесов занимают более 60% территории.
Виды птиц, занесенные в Красную книгу Республики Беларусь, зарегистрированные на территории заказника «Швакшты»
1. Чернозобая гагара – Givia arctica. II категория охраны Красной книги Республики Беларусь (EN). На территории заказника редкий мигрирующий вид. Наиболее часто отмечается в период осенней миграции: август-октябрь.
2. Большая выпь - Botaurus stellaris. III категория охраны Красной книги Республики Беларусь (VU). На территории заказника редкий гнездящийся вид. Вокализацию самцов можно услышать с середины апреля по середину июня.
3. Черный аист - Ciconia nigra. III категория Красной книги Республики Беларусь (VU). На территории заказника редкий гнездящийся вид. Данный вид можно наблюдать с середины апреля по конец сентября.
4. Шилохвость – Anas acuta. III категория охраны Красной книги Республики Беларусь (VU). На территории заказника редкий мигрирующий вид. Наиболее часто отмечается в период весенней миграции: апрель-май.
5. Большой крохаль – Mergus merganser. III категория охраны Красной книги Республики Беларусь (VU). Вид отмечается в весенний период апрель-май. В пределах соседнего ООПТ Национального парка «Нарочанский» является обычным видом как на гнездовании, так и в период миграции.
6. Орлан-белохвост Haliaeetus albicilla. II категория охраны Красной книги Республики Беларусь (EN). На территории заказника редкий возможно гнездящийся вид. Взрослые особи орлана-белохвоста можно наблюдать охотящимися на акватории озер Больший и Малые Швакшты в период апрель - октябрь.
7. Малый подорлик - Aquila pomarina. III категория охраны Красной книги Республики Беларусь (VU). На территории заказника очень редкий возможно гнездящийся вид. Малого подорлика можно наблюдать как в период миграции (апрель), так и в гнездовой период (май-август)
8. Коростель - Crex crex. III категория охраны Красной книги Республики Беларусь (VU). На территории заказника редкий гнездящийся вид. Вокализирующих самцов можно услышать в период с мая по июль.
9. Серый журавль - Grus grus. III категория охраны Красной книги Республики Беларусь (VU). На территории заказника гнездящийся вид. Птиц можно наблюдать или услышать в период с апреля по сентябрь.
10. Большой улит - Tringa nebularia. III категория охраны Красной книги Республики Беларусь (VU). На территории заказника редкий мигрирующий вид. Наиболее часто отмечается в период осенней миграции: август-октябрь.
11. Сизая чайка - Larus canus. IV категория охраны Красной книги Республики Беларусь (NT). На территории заказника мигрирующий вид. Наиболее часто отмечается в период осенней миграции: август-октябрь.В период весенне-летний период одиночные птицы и стаи по 5-10 особей отмечаются на озерах.
12. Воробьиный сыч - Glaucidium passerinum IV категория охраны Красной книги Республики Беларусь (NT). На территории заказника редкий возможно гнездящийся вид. Территориальные пары воробьиного сыча можно наблюдать в течении всего года.
13. Белоспинный дятел - Dendrocopos leucotos. IV категория охраны Красной книги Республики Беларусь (NT). На территории заказника гнездящийся вид. Территориальные пары белоспинного дятла можно наблюдать в течении всего года.